Por sus características ambientales y sus implicaciones sociales y económicas, la vulnerabilidad de los acuíferos es un tema relevante para la planeación territorial. El ordenamiento ecológico del territorio y el manejo de cuencas requieren definir áreas de importancia para la planeación sectorial, y la evaluación de los acuíferos en este contexto, requiere de un análisis integral que vincule tres aspectos:

Sistema natural : ya que la visión del manejo del agua integra plenamente los recursos hidráulicos con la conservación y restauración de otros recursos naturales de la nación. Debido a que en amplias zonas del país la deforestación ha provocado fuerte erosión de los suelos, lo que ocasiona un menor control natural del escurrimiento superficial y una menor recarga de los acuíferos esta temática es prioritaria para la gestión de las cuencas hidrológicas y la conservación de los recursos hidráulicos tanto en cantidad como en calidad.

Sistema socio-cultural: Es de interés nacional que la planeación territorial considere la conservación y manejo sustentable de los elementos del medio natural cuyas condiciones modifican la cantidad de agua, como los bosques y zonas de recarga ; así como la ubicación de áreas antrópicas cuya actividad signifique un problema potencial para la calidad del recurso, (por ejemplo los confinamientos de residuos sólidos); y que incluya restricciones de uso para las zonas federales aledañas a cauces.

Sistema económico : E n este contexto es importante vincular el análisis de los usos del territorio con fines de aprovechamiento de los bienes y servicios ambientales.